Verftet ble etablert som Bolsønes Skibsbyggeri & mekanisk verksted i 1892 av Nils Knutsen Bolsønes, og den første beliggenheten var på Bolsøyneset på Bolsøya i Moldefjorden. Til å begynne med bygde verftet seilbåter, men leverte allerede i 1902 skroget til den første motorbåten i Romsdal.

I 1905 kjøpte Bolsønes tomt på Fuglsetneset på fastlandet, og flyttet virksomheten dit. I 1915 tok sønnene hans over og gjorde det om til et aksjeselskap. På begynnelsen av 1920-tallet kom verftet i økonomiske vanskeligheter, og i 1925 overtok Bernhard Grønningsæter verftet. Han endret navnet til Bolsønes Verft, og drev det videre som privateid selskap. I 1953 ble det siste fartøyet med treskrog levert, og verftet bygde etter dette skip med stålskrog frem til konkursen i 1984.

Etter at det ble slutt på nybyggingen, ble størstedelen av verftsområdet gjort om til næringsområde, mens service-virksomheten startet opp igjen i to slipper med tilhørende kraner og bygninger. De nye eierne dannet et aksjeselskap og videreførte Bolsønes Verft-navnet. I 2010 kjøpte Fjord1 Bolsønes Verft for å utføre vedlikehold og reparasjoner, både på egne fartøy og for eksterne kunder